В настоящее время Сохондинский заповедник имеет четыре отдела:
- отдел охраны;
- научный отдел;
- отдел экологического просвещения;
- хозяйственный отдел.
Отдел охраны
Штат службы охраны насчитывает 25 человек, из них 22 - специализированная государственная инспекция по охране заповедника. В свою очередь, инспекция подразделяется на оперативные группы и кордоны. Всего по периметру заповедника расположено 5 кордонов. Основные их задачи - обеспечение базирования групп, работающих на территории заповедника, обеспечение прохождения групп по экологическому маршруту, содержание коней, сбор оперативной информации по нарушениям режима и лесным пожарам, метеорологические наблюдения. Мобильные оперативные группы (их в заповеднике три) занимаются выявлением и задержанием нарушителей режима заповедника и его охранной зоны, тушением лесных пожаров, учётами животных.
Инспекция имеет единую форму одежды со знаками различия, вооружена табельным оружием, оснащена необходимым автотранспортом, радиосвязью, спецсредствами.
Научный отдел
Научно-исследовательская работа начала вестись в заповеднике практически с начала его существования. Самый первый научный труд - обоснование создания заповедника - "проект организации Сохондинского заповедника", написанный в 1973 г.
Зарождение отдела научных исследований относится к первым годам становления заповедника, начиная с 1972 года. Члены проектной экспедиции под руководством Р.Ф. Штильмарка сделали первые достаточно подробные описания животного и растительного мира заповедника. С 1978 года регулярно ведётся "Летопись природы". С начала функционирования заповедника вышло 45 томов Летописи природы.
В 1979 г. заложен первый постоянный зимний маршрут длиной 58 км, который был проложен по рекам Букукун и Ингода; второй маршрут длиною 135 км был организован в 1980 г. и охватил байкальский бассейн заповедника (р. Енда, Буреча и Киркун), где ежегодно проводится зимний учетный маршрут по учету млекопитающих и птиц.
С присвоением в 1984 г. статусу заповедника биосферного повысился уровень требований к научно-исследовательским работам на его территории и прилегающей зоне. Была создана сеть стационаров - "Кыра", "Бунинда", "Верхний Букукун", на которых заложены маршруты по комплексным мониторинговым работам для изучения изменений процессов протекающих во флоре и фауне юга Восточного Забайкалья.
Заслуга сотрудников отдела состоит также в подготовке двух томов Красной книги Читинской области и Агинского Бурятского автономного округа (растения и животные) в 2000-2003 гг.
Комплексные исследования степной зоны Кыринского, Акшинского и Ононского районов, начатые в 1994-1996 гг., далее были продолжены и с 2001 г. проведена подготовка материалов с целью заповедания степных участков Кыринского района и создания заказников "Горная степь" и "Ульхан-Майхан". Созданный в 2003 г. степной заказник "Горная степь" прилегает к территории национального парка Монголии "Онон-Бальдж" и служит уникальным резерватом забайкальских горных степей.
Обширные геоботанические и флористические исследования на территории заповедника, начатые в 1982 г. А.В. Галаниным, И. Ефимовой, А.В. Беликович и Н.С. Проскуриной, были продолжены в 2000-2004 гг. А.В. Галаниным и А.В. Беликович (Владивосток) Переописано свыше 50 пробных геоботанических площадей заповедника, собран большой фактический материал с подробным анализом и глобальными выводами по аридизации исследуемой территории. Огромная заслуга А.В. Галанина и А.В. Беликович в проведении геоботанических работ по описанию растительности степной Даурии за последние годы. Геоботанические работы проводятся с привлечением таких ведущих специалистов как И.Н. Сафронова (Санкт-Петербург), а также геоботаников Новосибирска, Читы, Японии, Америки.
Большой вклад в организацию научных работ внесли бывший директор заповедника, орнитолог А.А. Васильченко, его заместитель по научной работе ботаник А.В. Галанин. Огромную работу проделали ботаники Б.И. Дулепова, Н.В. Уманская, З.А. Васильченко, климатолог М.А. Русских, почвовед В.М. Остроумов. Обширные учетные работы провели зоолог П.В. Баранов, собравший оригинальный материал по бурому медведю, а также орнитологи В.Н. Сметанин, М.И. Орлов, А.В. Беликович, Е.Э. Малков, териологи Н.С. Проскурина, В.А. Иванова (Орлова), И.Н. Белов и другие сотрудники.
На данный момент из стен заповедника, будучи штатными сотрудниками научного отдела, вышло двое докторов и пять кандидатов биологических наук.
Отдел экологического просвещения
Отдел экологического просвещения был организован в 2000 году. С тех пор, на протяжении 10 лет, он строит свою работу исходя из требований к эколого – просветительской деятельности, определённых Концепцией работы государственных природных заповедников и национальных парков Российской Федерации по экологическому просвещению населения.
База отдела экологического просвещения:
Визит – центр , библиотека, видеотека, необходимая видеотехника. В отделе работают 4 человека. Работа ведётся по нескольким направлениям.
Ежегодный эколого-краеведческий конкурс « Мир дикой природы»:
Конкурс проводится в несколько этапов: заочный – теоретический тур, творческий и практических дел.
Победители конкурса получают право на посещение заповедника по экологическому маршруту «Тропою Палласа»
Международные конкурсы детского творчества:
С 2006 года заповедник ежегодно проводит международный конкурс детского творчества « Природа без границ». Тема конкурса определяется актуальностью проблемы. В конкурсе принимают участие ребята из общеобразовательных школ и учреждений дополнительного образования из районов Забайкальского края, г. Читы и Монголии. Победители конкурса принимают участие в международном экологическом слете.
Экологические акции и праздники:
Ежегодно проводятся традиционные праздники День Земли, День воды, День птиц и мн. др.
Акции «Марш парков», «Покормите птиц», региональная акция «Охранять природу – значит любить Родину» и др.
Выставки детского творчества и фоторабот:
Ежегодно проводятся стационарные и передвижные выставки в визит- центре заповедника, краеведческом и краевом музеях, районных и областных библиотеках, в учреждениях образования, в организациях государственного управления и т.д.
В течении года школьники участвуют в волонтерских акциях (посадка деревьев, уборка берегов рек и озер и т.д.).
