Животный мир
Ландшафтное разнообразие заповедника, наличие в нём многих природных комплексов - от степных до альпийских - обусловило и его флористическое и фаунистическое богатство. К настоящему времени установлено, что в заповеднике и прилегающих к нему территориях обитает 67 видов млекопитающих, порядка 255 видов птиц, 3 вида амфибий, 4 вида рептилий, а в многочисленных горных реках и озёрах - 8 видов рыб. Зарегистрировано также свыше 1200 видов членистоногих, что составляет по оценкам специалистов две трети состава.
Наиболее интересные представители млекопитающих - хищники - в заповеднике представлены 15 видами (в совокупности с прилегающими территориями 19 видов). Самым многочисленным из них является соболь - один из самых ярких представителей семейства куньих, богатство забайкальской тайги. На заповедной территории плотность населения этого зверька в 3-5 раз выше, чем на соседних опромышляемых участках. Колонок встречается примерно в 8-10 раз реже соболя, придерживаясь лесостепного и низкогорного поясов. Характерны для всей территории горностай и ласка, распространённые от лесостепи до гольцов. Крайне редка речная выдра (вид, занесённый в Красную книгу Читинской области). Постоянный обитатель заповедной территории - волк. Вследствие высокой экологической пластичности волки осваивают почти все природные ландшафты. Хозяин тайги - медведь - здесь обычен, и следы его жизнедеятельности встречаются повсеместно. Большая удача даже для опытного натуралиста наблюдать рысь в природных условиях, настолько осторожен и чуток этот представитель семейства кошачьих. На территории заповедника также возможно обитание снежного барса.
Богата забайкальская тайга и копытными животными. На заповедной территории обитает 5 видов этой группы животных. Изюбрь - один из самых многочисленных и повсеместно распространённых. Лось - один из фоновых видов копытных заповедника. Излюбленные биотопы этих великанов - выположенные вершины рек с наличием кустарниковых ив и берёз, а также моренные озёра с их богатой водной растительностью. Заповедник служит резерватом и для кабарги, ставшей редким зверем в забайкальской тайге из-за хищнического промысла петлями. Возрастает ее численность в характерных горнотаежных местах. Сибирская косуля чаще встречается в долинах рек нижнего лесного пояса и на остепненных склонах горных хребтов. В последние годы отмечен рост популяции кабана. Эти животные придерживаются долин крупных рек, малоснежных увалов и сосняков южных склонов.
Обычными обитателями тайги являются заяц-беляк, белка, белка-летяга, бурундук. Длиннохвостый суслик широко распространен в лесостепном поясе, а изолированные его поселения имеются и в гольцовых тундрах. В курумниках гольцов и каменистых россыпях по хребтам верхнего и нижнего лесного пояса обитает самый маленький представитель зайцеобразных - пищуха северная.
Весьма богата в заповеднике орнитофауна. Зарегистрировано около 170 гнездящихся видов, более 30 видов - на пролёте, свыше 10 видов отмечены как залётные и свыше 50 видов - зимующие в Кыринском районе районе.
Из хищных птиц обычными видами лесостепной зоны являются черный коршун, обыкновенная пустельга, кобчик, полевой и болотный луни. Более редки степной орел, большой подорлик, балобан, сапсан, орлан-белохвост. Нередки залеты черного грифа.
В тайге обычен беркут, тетеревятник, перепелятник, обыкновенный канюк.
Широко распространенные водоплавающие птицы представлены 24 видами. Наиболее характерные утки - кряква и чирки. Гуменник, кликун, клоктун, мандаринка, чернеть Бэра, каменушка занесены в Красные книги РФ и области. На горных озёрах гнездятся чернозобая гагара и красношейная поганка. Большая поганка характерна для крупных степных озёр. Большая выпь, серая цапля и чёрный аист гнездятся в заболоченных поймах водоёмов.
В заповеднике и прилегающих территориях отмечено обитание 4 видов журавлей. Серый журавль гнездится в окрестностях таежных озер. Даурский журавль обитает в заболоченных речных долинах ближе к границе с Монголией. Красавка широко расселяется по всей остепнённой Алтано-Кыринской котловине. Здесь же, в окрестностях озер и по долинам рек отмечается во время пролёта очень редкий чёрный журавль. По степным озеркам-блюдцам гнездится лысуха, а в наиболее укромных уголках отмечается гнездование дрофы.
Из 6 представителей куриных только японский перепел является перелетным видом, остальные живут круглый год на данной территории. Белая куропатка обитает в высокогорных тундрах, часто спускаясь в долины рек в зимний период. Каменный глухарь довольно широко распространен в тайге верхнего лесного пояса. Рябчик обитает практически по всем типам лесов. Тетерев преимущественно в лесостепной зоне. Японский перепел и даурская куропатка в степной зоне Алтано-Кыринской котловины.
Многочисленны в заповеднике кулики - до 25 видов, из которых 13 гнездящиеся.
Из 10 видов сов самая массовая - длиннохвостая неясыть; нередок филин, занесенный в Красную книгу области. Наиболее многочисленны в заповеднике воробьиные птицы (более 100 видов). Оптимальными для них биотопами являются поймы рек, смешанные леса на стыке тайги и лесостепи, берега озёр, заросли кустарников.
В многочисленных водоемах водятся различные виды рыб. Самым редким и крупным представителем ихтиофауны является таймень, заходящий в нижнее и среднее течение наиболее крупных рек заповедника в период нереста. Ленок, хариус и налим - наиболее характерные обитатели заповедных водоёмов. Изредка встречается в заводях среднего течения рек амурская щука; обычен гольян.
